Die Vorstellung, mithilfe einer Mini-Kamera in Form einer Kapsel den Körper zu erkunden und medizinische Diagnostik durchführen zu können (wie in utopischen Filmen) ist Realität geworden. Bereits seit 2001 wird die Kapselendoskopie als bildgebendes Verfahren eingesetzt, um Einblicke in den Verdauungstrakt zu erlangen, insbesondere zur Darstellung und anschließenden Beurteilung der Schleimhaut. Während ihrer Passage des Magen-Darm-Trakts liefert die Mini-Kamera permanent Bilder, um mögliche krankhafte Veränderungen aufspüren zu können.
Insbesondere für die Inspektion des Dünndarms eignet sich dieses Verfahren, da dieser Darmabschnitt mit anderen Methoden schlechter erreichbar und somit schwerer darstellbar ist – die Dünndarmkapselendoskopie ist laut Empfehlung der Deutschen Gesellschaft für Gastroenterologie, Verdauungs- und Stoffwechselkrankheiten (DGVS) ein probates Werkzeug, wenn der Verdacht auf eine Dünndarmerkrankung vorliegt, wie etwa beim Auftreten mittlerer gastrointestinalen Blutungen.
Auch zur Diagnostik oder Beobachtung der chronisch-entzündlichen Erkrankung Morbus Crohn sowie der Autoimmunkrankheit der Dünndarms, der Zöliakie (Gluten-Unverträglichkeit) oder eben um Gewebeveränderungen/-wucherungen wie etwa Polypen aufspüren zu können, ist der "Mini-Spion" ideal. Da diese Untersuchungsmethode bereits ab einem Alter von zwei Jahren möglich ist, stellt sie zudem einen erheblichen Fortschritt bei der Diagnostik von Erkrankungen von Kindern und Jugendlichen dar. 
Auch die Dickdarmschleimhaut kann mithilfe der Kapselendoskopie begutachtet werden, vor allem in Fällen, da eine herkömmliche Koloskopie zu riskant oder nicht durchführbar, oder vom Patienten abgelehnt worden ist. Die Mini-Kamera kann sich ebenfalls auf den Weg machen, um andere Untersuchungen zu ergänzen.

Ebenso wie bei einer herkömmlichen Koloskopie muss der Darm freilich "sauber" sein – auch hier ist also eine entsprechende Vorbereitung erforderlich.
Nachteilig ist, dass die Mini-Kamera wirklich nur Einblicke verschaffen kann. Die "große Schwester" Koloskopie dagegen ermöglicht es, Gewebeproben bei Bedarf im selben Arbeitsgang zu entnehmen (Biopsie) oder beispielsweise Polypen sofort abzutragen.
Welche Untersuchungsmethode also die geeignetere ist, müssen Arzt und Patient individuell besprechen und abwägen.